検査院によると、ある社会医療法人は2020-21年度に多額の病床確保料が交付されたため補助金などの収入が全収入の5%を超えたが、調整計算の必要性を認識していなかった。再計算した場合、その法人では2年間分で310万円余りの仕入控除税額の減少が見込まれるという。
調整計算の誤りなどの要因として検査院は、▽国税庁で調整計算の取り扱いが十分に周知されているか検討されていなかった▽税務署での申告審理の体制が十分でなかった-ことを挙げている。
検査院からの指摘を踏まえて厚労省では、調整計算が誤っている公立病院や公共・公益法人などに正しく計算し直してもらうよう促す。また、正しい計算方法を周知し、再計算を依頼するとしている。
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