教育・研究・診療を担うことは重要だと考えている一方で、3つ全てを一様に最大限取り組むのには限界があり、地域の医療提供体制や各病院の財政状況などに応じて、担うべき役割の重点化を検討する必要があるという意見が数多く聞かれた。

　そのため第三次取りまとめでは、大学病院が所在する自治体とも連携し、必要な機能の点検・見直しを行った上で重点化を進める方針を示した。

　教育面での方策としては、診療参加型臨床実習での医行為の修得率を向上させるため、低年次からの多様な実習を推進。日常的に高頻度で遭遇する疾患を数多く経験できることから地域での医療機関の実習も重視する。また、実習を指導する医師が教育に専念できる方策などが求められていることから、「臨床実習指導医（仮）」の称号を付与する仕組みの具体化や、上級生が下級生を教える「屋根瓦方式」の教育手法の推進、教育コンテンツなどを共有するデジタルプラットフォームの整備にも取り組むべきだとした。

　研究面では、強みがある領域で優れた研究成果を上げている大学病院もあることから、関係機関のネットワークを活用したデータ・知見の共有や連携を進め臨床研究を推進するなど、一律の支援ではなく、それぞれの特徴を生かした支援を行うとした。さらに、診療を行う医師は研究時間などの確保が難しいことから、研究費を研究以外の業務代行の経費に充てられる「バイアウト制度」や研究支援の人材の積極的な活用を促す。

　診療に関しては、地域医療に貢献する大学病院の機能について実態を把握した上で必要な支援を検討し、地方自治体からの支援を促す取り組みを行うほか、特定行為研修を修了した看護師によるタスクシフト・シェアを促す環境整備も進めるとした。

　このほか経営改革として、病院長を含む幹部職員などが病院経営に必要な知識を身に付けるとともに、実務に当たる事務職員などの計画的な養成に努めることとした。また、大学全体で作成する貸借対照表（BS）とは別に大学病院のBSも作成し、資産状況を見える化する取り組みも促す。